Лаборатория электронной микроскопии была создана в 1988 г. на базе научной группы, организованной на кафедре общей физики МИЭТ в 1976 г. Основателем этой группы, а затем и первым начальником лаборатории являлся д.ф.-м.н., профессор С.К. Максимов. С 1999 г. лаборатория возглавляется д.ф.-м.н., профессором Н.И. Боргардтом.

Лаборатория располагает комплексом современного исследовательского оборудования и входит в число ведущих российских научных коллективов, занимающихся электронно-микроскопическими исследованиями структуры и состава материалов. Ею установлены научные контакты с исследовательскими и аналитическими центрами и университетами России и Германии.

За время существования группы – лаборатории электронной микроскопии в ее коллективе подготовлены и защищены 5 докторских и 18 кандидатских диссертаций. Выполненные в ней электронно-микроскопические исследования вошли в ряд кандидатских и докторских диссертаций, подготовленных на кафедрах и научных подразделениях МИЭТ.

В лаборатории проходят научно-исследовательскую практику студенты МИЭТ, обучающиеся в бакалавриате, на ее базе реализуются специальные дисциплины по направлению подготовки «Электроника и наноэлектроника», проводится обучение по магистерской программе «Нанодиагностика материалов и структур» (смотреть презентацию).